Hiến pháp Estonia bảo đảm tự do tôn giáo, tách riêng nhà thờ và nhà nước, và các quyền cá nhân riêng tư của tín ngưỡng và tôn giáo. Theo Viện truyền thông Dentsu Inc, Estonia là một trong những nước vô thần nhất trên thế giới, với 75,7% dân số tự xưng là không theo tôn giáo nào. Các cuộc điều tra năm 2005 cho thấy chỉ có 16% dân số Estonia tuyên xưng niềm tin vào một vị thần, niềm tin thấp nhất của tất cả các nước được nghiên cứu.[31] Các giáo phái tôn giáo lớn nhất trong nước là Giáo hội Luther, có 152.000 tín hữu chiếm 14,8% dân số, chủ yếu là người Estonia. Và 143.000 tín hữu của Chính Thống giáo, chủ yếu là cộng đồng thiểu số người Nga.[32][33] Theo điều tra dân số năm 2000, có khoảng 152.000 tín đồ thuộc Giáo hội Luther, 143.000 tín đồ Chính thống giáo, 5.000 người thuộc Công giáo La Mã, 4,268 người theo Nhân chứng Jehovah, [178] và 1.000 tín đồ của đạo Taaraism[33] hoặc Maausk. Cộng đồng Do Thái giáo có dân số ước tính khoảng 1.900. Khoảng 68.000 người tự coi mình là người vô thần.[33] Đất nước này đã Kitô hóa bởi các Hiệp sĩ Teuton trong thế kỷ XIII. Trong thời Cải Cách, đạo Tin Lành lan rộng, và nhà thờ Luther đã chính thức được thành lập ở Estonia năm 1686. Nhiều người Estonia tuyên xưng không được đặc biệt theo tôn giáo nào, bởi vì luật tôn giáo thông qua vào thế kỷ XIX gắn liền với quy luật phong kiến ​​Đức.[34]